Ambion™ ERCC ExFold RNA Spike-In-blandningar

ERCC ExFold RNA Spike-In-blandningar tillhandahåller en uppsättning externa RNA-kontroller som möjliggör prestandabedömning av en mängd olika teknikplattformar som används för genuttrycksexperiment. Lägg till en Spike-In Mix till varje RNA-prov och kör de Spike-In Mix-innehållande proverna på din plattform. Jämför sedan Spike-In Mix-data med kända Spike-In Mix-koncentrationer och -förhållanden för att bedöma din plattforms dynamiska omfång, nedre gräns för detektion och fold-change-svar. Ett antal genuttrycksteknologier kan dra nytta av användningen av ERCC ExFold RNA Spike-In Mixes, inklusive nästa generations sekvensering (NGS ), mikroarrayer och PCR-baserade analyser. Mikroarrayer måste innehålla prober utformade för att förhöra ERCC-transkripten för att dra nytta av användningen av ERCC ExFold RNA Spike-In-blandningar. Rådgör med arraytillverkaren för detaljer. Viktiga produktegenskaper:

Uppnå ett standardmått för datajämförelse över genuttrycksexperiment

Mät känslighet (nedre gräns för detektion) och dynamiskt omfång för ett experiment

Kvantifiera differentiellt genuttryck

Varför externa RNA-kontroller behövs
Variation i RNA-expressionsdata kan tillskrivas en mängd olika faktorer, inklusive kvaliteten på utgångsmaterialet, nivån på cellularitet och RNA-utbyte, plattformen som används och den person som utför experimentet. För att kontrollera dessa källor till variabilitet har en gemensam uppsättning externa RNA-kontroller utvecklats av External RNA Controls Consortium (ERCC), en ad-hoc-grupp av akademiska, privata och offentliga organisationer som är värd för National Institute of Standards and Technology (NIST ). Kontrollerna består av en uppsättning omärkta, polyadenylerade transkript utformade för att läggas till ett RNA-analysexperiment efter provisolering, för att mäta mot definierade prestationskriterier. Fram till utformningen av sådana universellt accepterade kontroller har det varit svårt att genomföra en grundlig undersökning av grundläggande analytiska prestandamått. Från det pålitliga varumärket av kvalitets-RNA-reagenser är ERCC ExFold Spike-In-blandningar kommersiellt tillgängliga, förformulerade blandningar av 92 transkript, härledda och spårbara från NIST-certifierade DNA-plasmider. Transkripten är designade för att vara 250 till 2 000 nt långa, vilket efterliknar naturliga eukaryota mRNA.

Lås upp potentialen för RNA-analys
RNA-analys, inklusive profilering av genuttryck och undersökning av hela transkriptomer, kan leda till bättre förståelse av uttrycksmönster i sjukdomstillstånd och ger större insikter i biologiska vägar och molekylära mekanismer som reglerar cellöde, utveckling och sjukdomsprogression. Traditionella metoder för RNA-analys, såsom qRT-PCR och mikroarrayer, är väletablerade men håller på att ersättas av nästa generations sekvensering, ett digitalt alternativ med hög genomströmning. Eftersom varje metod har flera plattformar, och med behovet av att jämföra olika prover över plattformar över hela världen, är ett standardmått för datajämförelse nödvändigt. När RNA-analysens möjligheter utökas kommer behovet av att skapa en standardiserad bild av data att bli ännu viktigare.

Uppnå och jämför resultat med bekräftad noggrannhet
ERCC ExFold RNA Spike-In-blandningar används för att skapa en standardbaslinjemätning av RNA både inom ett experiment och över flera experiment som utförs med olika prover och plattformar. Med två spike-in mix-formuleringar (se figur) kan olika mätningar, såsom känslighet eller dynamiskt område, undersökas för att bedöma olika parametrar i ett experiment eller över experiment (se figur). Dessutom kan uttrycksveckförändringsförhållanden mellan två prover beräknas med en hög grad av tillförlitlighet genom att använda det mycket överensstämmande förhållandet mellan ExFold RNA Spike-In 1 och ExFold RNA Spike-In 2 (se figur). Mätningar bestäms via kända molära koncentrationer för varje transkript i en spike-in-blandning och genom association av de två blandningarna med användning av en kombination av förhållanden över 4 olika undergrupper av de 92 transkripten. Kontrollerna är idealiska för nästa generations sekvenseringsexperiment, till exempel på SOLiD™ System och stödda microarray-plattformar som t.ex Illumina™ Sentrix™ BeadChip.

Välj bland flexibla alternativ för ERCC-kitkonfigurationer Oavsett
om du mäter dynamiskt omfång eller genuttrycksförändringar, finns ERCC Spike-In Control Mixes tillgängliga i två kitkonfigurationer för att möta dina experimentella behov. Använd ERCC Spike-In Mix för att bestämma det dynamiska omfånget och den nedre gränsen för detektion på din plattform, och använd ERCC ExFold Spike-In Mixes för att bedöma noggrannheten i differentiella genuttrycksmätningar.

	ERCC RNA Spike-In Mix 1*	ExFold Spike-In Mix 1*	ExFold Spike-In Mix 2*	Nukleasfritt vatten
ERCC RNA Spike-In Mix (kat. nr. 4456740)	10 μL	—	—	1,75 ml
ERCC ExFold RNA Spike-In-blandningar (kat. nr. 4456739)	—	10 μL	10 μL	1,75 ml

*Även om ERCC RNA Spike-In Mix 1 och ExFold Spike-In Mix 1 innehåller samma formulering av ERCC-transkript, ska ERCC RNA Spike-In Mix 1 inte ersättas med ExFold Spike-In Mix 1 för vikningsutvärdering. Använd endast ExFold Spike-In Mix 1 och Mix 2 med samma tillverkningslotnummer.