Thermo Scientific™ AarI (2 U/μ L)

5'...CACCTGC (N) ₄ ▵...3'

3'...GTGGACG (N) ₈ ▵...5'

Villkor för 100 % aktivitet:

• [1X Buffer AarI] + oligonukleotid:
• [10 mM Bis-Tris Propan-HCl (pH 6,5 vid °37 C), ₁₀ mM MgCl2, 100 mM KCl, 0,1 mg/ml BSA] + 0,5 μM oligonukleotid (se not)
• Inkubera vid 37 °C

Förvaringsbuffert:

• AarI levereras i:
• 10 mM kaliumfosfat (pH 7,4 vid 25 °C), 100 mM KCl, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,2 mg/ml BSA och 50 % (v/v) glycerol

Ligering och återklyvning:

• Efter 10-faldig översmältning med AarI kan mer än 95 % av DNA-fragmenten ligeras och skäras igen

Metyleringseffekter:

• Dam: överlappar aldrig— ingen effekt
• Dcm: överlappar aldrig— ingen effekt
• CpG: kan överlappa varandra— klyvningsförsämrad
• EcoKI: överlappar aldrig— ingen effekt
• EcoBI: kan överlappa varandra— effekt ej fastställd

Digestion av agaros-inbäddat DNA:

• Minst 5 enheter av enzymet krävs för nedbrytning av μ1 g agarosinbäddat lambda-DNA på 16 timmar

Anmärkning:

För klyvning med AarI krävs minst två kopior av dess igenkänningssekvens. Inkludering av μ0,5 M oligonukleotid med AarI-igenkänningssekvensen i reaktionsblandningen förbättrar signifikant klyvning av DNA, speciellt av de med ett enda AarI-ställe. Ändå är en fullständig klyvning av vissa substrat med AarI svår att uppnå. Mer än 10-faldig översmältning med AarI kan resultera i stjärnaktivitet. AarI kan förbli associerad med det klyvda DNA:t. Detta kan orsaka förskjutning av DNA-band under elektrofores. För att undvika atypiska DNA-bandmönster, använd 6X DNA Loading Dye& SDS-lösning för provberedning eller värm det digererade DNA:t i närvaro av SDS före elektrofores.