Thermo Scientific™ Masspektrometrisklyvbara tvärbindare

DSSO (disuccinimidyl sulfoxide) och DSBU (disuccinimidyl dibutyric urea eller BuUrBU) är båda masspektrometri (MS)-klyvbara och membran-semi-permeabla tvärbindare som innehåller en aminreaktiv N-hydroxisuccinimid (NHS) ester i vardera änden av ett utrymme med 7-kolatomer i arm (1 DSSOr) arm (1 DSSOr). Båda tvärbindarna har en reaktivitet som liknar DSS men innehåller en klyvbar funktionalitet i länkområdet som möjliggör klyvning i gasfasen med användning av kollisionsinducerad dissociation (CID) under tandem-MS (MS/MS)-fragmentering. MS-klyvningen av DSSO eller DSBU genererar diagnostiska jondubletter under MS2, vilket skiljer identifiering av tvärbundna peptider från återvändsgrändmodifikationer. De tvärbundna peptidfragmenten identifieras därefter med hjälp av MeroX- eller XlinkX-mjukvara. För DSBU fragmenteras och sekvenseras tvärbundna peptider under MS2, medan för DSSO fragmenteras tvärbundna peptider under MS/MS och kräver ytterligare fragmentering (MS3) för att underlätta peptidsekvensering med hjälp av traditionella databassökmotorer.

Funktioner hos MS-klyvbara tvärbindare DSSO och DSBU
• Mycket reaktiv NHS-ester (i båda ändar) med primära aminer
• MS-klyvbar genom kollisionsinducerad dissociation (CID)
• Kristallina reagenser med hög renhet för proteinstruktur och interaktionskarakterisering
• Membran-semi-permeabel, tillåter intracellulär tvärbindning
• Vattenolöslig (lös först i DMF eller DMSO)

Fördelar med MS-klyvbara tvärbindare
Även om både icke-klyvbara och MS-klyvbara tvärbindare kan användas för att studera protein-protein-interaktioner, kan MS-klyvbara tvärbindare vara mer fördelaktiga för att förbättra identifiering och analys av tvärbundna peptider. Vanligtvis när man använder icke-klyvbara tvärbindare består de genererade data av både de tvärbundna och icke-tvärbundna peptiderna, vilket gör det svårt att särskilja med masspektrometrianalys. Icke-klyvbara tvärbindare ökar också komplexiteten i analysen. Viss komplexitet kan reduceras genom ytterligare provberedning eller genom isotopmärkning. MS-klyvbara tvärbindare ger förmågan att skilja mellan tvärbundna och icke-tvärbundna peptider för analys. Tvärbindaren klyvs genom kollisionsinducerad dissociation (CID/HCD) eller elektronöverföringsinducerad dissociation (ETD) för att generera karakteristiska joner som sedan kan användas under MS2- eller MS2/MS3-fragmentering för att säkert identifiera och sekvensera tvärbundna peptider. Förmågan att entydigt identifiera tvärbundna peptider resulterar i färre falska positiva resultat jämfört med icke-klyvbara tvärbindare. DSSO och DSBU använder en sulfoxid respektive urea för klyvbarhet med gasfasfragmentering.

Applikationer för MS-klyvbara tvärbindare DSSO och DSBU
• Analysera komplexa proteinblandningar
• Profilering av naturliga protein-proteinnätverk in vivo
• Undersöker intakta organeller, celler eller vävnader
• Utför proteomomfattande studier
• Karakterisering av intermolekylära proteininteraktioner
• Karakterisering av renade proteiner och komplex

Notera: För högupplösningsanalys av de tvärbundna peptiderna är den rekommenderade LC-kolonnen för Nanospray Flex-källan Acclaim PepMap 100 C18 LC Column (kat. nr. 164940 eller 164568). För EASY-Spray-källan är den rekommenderade LC-kolonnen EASY-Spray C18 LC Column (kat. nr. ES900 eller ES904).