Nukleinsyramärkning och detektion

Nukleinsyramärkning och detektionsprodukter används för att lägga till taggar eller märkningar till nukleinsyror för att möjliggöra detektion eller rening. De taggade nukleinsyrorna kallas 'prober.'

Nukleotidmärkning kan innefatta radioaktiva fosfater, biotin, fluoroforer och olika enzymer. Biokonjugationsmetoder som producerar nukleinsyrasonder kan också anpassas för att fästa dem till andra molekyler (för riktad leverans) och ytor (för att underlätta immobilisering).

Även om nukleinsyrasonder kan märkas under syntes, kan anpassade oligonukleotidsonder vara dyra så många forskare väljer att märka sina egna.

Snabb och effektiv bänkoligonukleotidmärkning kan utföras för att göra mindre probmängder eller när flera prober med samma märkning behövs. Enzymatiska metoder är överkomliga för småskalig sondgenerering; kemiska metoder är mer lämpade för reaktioner i större skala.

Prober kan märkas vid vardera änden av oligonukleotiden eller slumpmässigt inkorporeras genom sekvensen. Valet av metod beror på graden av märkning som krävs och om förändringar kommer att förhindra de förväntade interaktionerna. Nukleinsyrahybridiseringsreaktioner kan dra nytta av slumpmässig märkningsinkorporering; proteininteraktioner kan kräva slutmärkning.

Sammanfattning av metoder

Enzymatisk

• TdT: ssDNA
• T4 RNA-ligas: ssDNA, RNA
• T4 PNK: ssDNA, RNA
• DNA-polymeras: DNA, RNA
• RNA-polymeras: RNA

Kemikalie

• Perjodat: RNA
• EDC: DNA, RNA
• Ospecifika tvärbindare: DNA, RNA

Detektionsmetoder är biotinbaserade, kemiluminescerande, fluorescerande, radioaktiva eller en kombination av flera tekniker. Tester kan inkludera nukleinsyratester för patogendetektion och fluorescerande in situ hybridisering (FISH) för specifika DNA-sekvenser i kromosomer.